螺旋输送机常见的有两种，管式和槽式。根据其设计不同，清理方法也不同。
管式输送机：由于机壳是一根钢管，所以在清理的时候有两种方法，用水冲洗或者通风清理。注水清理是指在进料口通入大量的水冲洗管内，将残存的物料冲刷出去。通风清理是用气泵或者风机将大量空气通入管内，将物料吹出管体。这两种方法都可以很方便的将管内的物料清理干净。
槽式螺旋输送机：由于机壳是U型槽，槽体上有盖板，在清理时可以卸下固定螺栓，去下盖板，然后清理，这种类型的输送机清理起来比较方便，可以用气泵等直接进行清理。
螺旋输送机在使用完毕以后，设备内会存有一定量的物料不能完全排出，这时要在停机以后再进行清理，绝对禁止设备还没有完全停止就进行清理，以免发生事故。